Les risques « accident du travail », « accident du trajet » et « maladies professionnelles » ne sont pas couverts par la CRPCEN. Les victimes d’un accident ou d’une maladie professionnelle doivent se rapprocher de la caisse primaire d’assurance maladie du lieu de travail pour connaître les modalités à suivre.
 
L’employeur doit adresser le formulaire S 6200 « déclaration d’accident du travail ou d'accident de trajet » à la caisse primaire d’assurance maladie de son lieu d’implantation dans les 48 heures ou le télédéclarer sur son compte employeur.